Al margen de todas estas comunidades, en Urdaibai también aparecen especies alóctonas, colonizan los hábitats de la vegetación autóctona y explotan los nutrientes del suelo, siendo las especies más extendidas en el territorio de Urdaibai la Bacharis halimifolia, Cortaderia selloana, Carpobrotus edulis y Arundo donax.
Para controlar el crecimiento y expansión de estas especies se están llevando a cabo iniciativas como el Proyecto de control de especies exóticas invasoras en Urdaibai. Este proyecto consta de dos partes diferenciadas: Acción directa sobre las áreas en las que se asienta la vegetación exótica invasora y sensibilización y educación ambiental en esta problemática.