Los acantilados del litoral de Urdaibai son un medio muy agreste, caracterizados por sus fuertes vientos y pronunciadas pendientes, a lo que hay que sumarle la falta de suelo, consecuencia de los dos factores mencionados anteriormente. Debido a las diferencias presentes en cada zona del litoral, las unidades de vegetación se sitúan principalmente en tres hábitats:
- En la zona más próxima al mar destacan las grietas rocosas y la alta salinidad. Las especies que dominan en este biotopo son las halófilas –plantas adaptadas a la alta salinidad–, siendo las especies vegetales características de este entorno, entre otras, Armeria euskadiensis, Olea europea, ambas amenazadas, o Hinojo marino (Crithmum maritimum) y Llantén marino (Plantago maritima).
- Pasada esta zona aparecen las gramíneas, cuyo máximo exponente es la Festuca. Estas gramíneas forman una alfombra de césped sobre el suelo del acantilado.
- Tras las gramíneas, aparecen los primeros matorrales y arbustos, asentados en suelos más ricos. Los acantilados de Urdaibai están formados en su mayor parte por sustratos calizos o margosos, que hacen que la formación arbustiva dominante sea el denominado prebrezal.
Otra comunidad unidad de vegetación que se observa en el litoral son las plantas nitrófilas. La aparición de estas comunidades vegetales se debe al aporte de ácido úrico y otros compuestos nitrogenados que componen los excrementos de las aves. Un ejemplo de planta de esta comunidad nitrófila es la Lavatera arbórea. Destaca especialmente la presencia de especies vegetales nitrófilas en la isla de Izaro, debido al gran número de aves que desarrollan su actividad en este entorno.