La Red Natura 2000 constituye una red ecológica europea de lugares que albergan especies o hábitats amenazados de importancia comunitaria y tiene como objetivo el mantenimiento de los mismos en un estado de conservación favorable (Directiva 92/43/CEE, relativa a la conservación de los hábitats naturales y de la fauna y flora silvestres). La Red Natura 2000 integra así mismo los espacios designados como Zona de Especial Protección para las Aves en virtud de lo dispuesto en la Directiva 79/409/CEE de conservación de la Aves Silvestres o Directiva Aves. En Urdaibai, son espacios integrados en la Red Natura 2000, los siguientes:
Zonas Especiales de Conservación (ZEC), designadas conforme a la Directiva Hábitats. Los estados miembros han propuesto Lugares de Interés Comunitario (LIC), ya aprobados por la Comisión Europea y que deben ser declarados ZEC en un periodo de 6 años. En la CAPV hay 52 LIC aprobados por la Comisión Europea y en la actualidad se está trabajando en la redacción de sus planes de gestión para su declaración como ZEC. Tres de estos lugares se encuentran en el ámbito de Urdaibai: los encinares cantábricos, las marismas y franja litoral y la red fluvial.
Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA), designadas al amparo de la Directiva Aves. En la CAPV se han designado 6 ZEPA, de las que una de ellas la constituye la totalidad de la ría y el litoral de Urdaibai. La designación de la ría de Urdaibai como ZEPA estuvo motivada por su ubicación, ya que se encuentra en el centro de la ruta migratoria de las aves que atraviesan la península ibérica. Esto, unido a sus óptimas características climatológicas y geológicas, lo convierte en el lugar ideal para la alimentación, descanso, y en algunos casos, invernada y reproducción de múltiples comunidades de aves migratorias.
En desarrollo de la Ley de Protección y Ordenación de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai se dotó a la Reserva de la Biosfera de un Plan Rector de Uso y Gestión (PRUG, 1993) con el objeto de cumplir las funciones de protección y ordenación territorial y que zonifica el suelo no urbanizable de Urdaibai, otorgándoles distintos grados de protección y distintos destinos:
- Áreas de Especial Protección: Comprenden los ecosistemas con mayor valor intrínseco o de carácter más frágil: estuario, costas y encinares. Estas áreas se encuentran protegidas de toda influencia humana. Se incluyen en esta categoría los elementos del patrimonio arqueológico de mayor valor.
- Áreas de Protección: Son zonas de interés natural y cultural, con sistemas naturales sensibles o recursos naturales escasos, que requieren medidas de protección que garanticen su preservación al poseer un valor natural alto. Su objetivo general consiste en asegurar la preservación del conjunto e incluso su regeneración y ampliación.
- Otras Áreas en las que la actividad humana tiene mayor relevancia, establecidas en función de sus características físicas y ecológicas, y en función de la capacidad del medio para acoger diferentes actividades: Áreas de Interés agrario, Áreas Forestales, Áreas de Núcleo de Población, Áreas de Suelo Rústico Común, Áreas de Sistemas.