Frente a las arbitrariedades de los banderizos y a la violencia feudal, los hidalgos rurales y vecinos de villa resistieron empleando distintos mecanismos, entre los que destaca la creación de las Hermandades o alianzas para mantener el orden público y luchar contra el bandidaje de los Parientes Mayores y sus aliados. Estas se dotaron de sus propios cuerpos legales y normativos, antecedentes del derecho foral, y de órganos de gobierno representados en Juntas Generales que, junto a la reactivación económica de mediados del siglo XV, contribuyeron a pacificar los territorios vascos.
A lo largo de la Edad Moderna el gobierno por juntas fueron cobrando mayor entidad y las provincias se fueron consolidando por la acción de las diputaciones.