La puerta de San Juan es la única puerta en pie de las siete que constituían la muralla de Bermeo. La muralla, además de tener una función defensiva, esta marcaba los límites entre el área intramuros, donde los habitantes gozaban de ciertos privilegios, y extramuros. Su construcción se puede datar en 1334, año en el que el rey Alfonso XI concedió 2000 maravedíes para su construcción. En 1353, su hijo, el conde Don Tello, donó las piedras del alcazar de los Señores de Vizcaya para concluir la construcción del muro. Cada uno de las siete puertas o portales de la muralla daba acceso a las principales vías de comunicación de la villa, siendo la de San Juan portal, la que comunicaba Bermeo con San Juan de Gaztelugatxe.
