Urdaibaik Euskadi osoko estuario-ekosistemarik onena hartzen du. Horregatik, naturagune pribilegiatu honek zenbait babes-figura bereganatu ditu, bere berezitasunaren zaintza bermatzeko.
Estuario dela eta, eta ingurumen-balio handiko beste ekosistema batzuk direla eta, Urdaibaik babes-figura hauek ditu:


