Padurak oso habitat berezia dira estuarioan; izan ere, ur geza kontinentalaren eta itsasotik datorren ur gaziaren arteko nahasketa-eremuak dira. Urdaibaiko paduretan dauden landaredi-unitateak, batez ere, gazitasun-mailaren eta kokaguneko substratuaren mendean daude. Hala, landare-komunitateok aldatuz doaz estuarioko eremu batetik bestera, materia organikoaren kopurua handitu egiten delako, urak azidoagoak direlako eta gazitasuna murriztu egiten delako. Hauek bereiz daitezke:
- Beti urpean eta itsasoko uraren eraginpean dagoen habitat bat, zeinean algak nagusi baitira (Zostera noltii, adibidez), materia organiko gutxiko lurzoru lohi-hareatsuak dira, pH altua eta itsasoaren antzeko gazitasuna dutenak.
- Zabalgune baxuak, ordu askotan urpean egon ohi direnak, non espezie nagusia —ia bakarra— Spartina maritima baita.
- Padura baxua, non, honelako komunitateak dauden, besteak beste: Suaeda maritima, Salicornia ramosissima, S. obscura, S. lutescens eta S. dolichostachya, Sarcocornia perennis eta Franckenia laevis.
- Padura baxu-ertaina, itsasgoraren erdiko mailan dagoena eta itsas getozkak (Halimione portulacoides) kolonizatua, lurra finkatzeko funtzioa betetzen duena.
- Padura ertain-altua, ondo finkatuta dagoena eta marea biziek soilik urpean uzten dutena. Bertan, itsas getozken eta ihien komunitateak (Juncus maritimus eta J. acutus) nabarmentzen dira.
- Padura altua, marea biziek ia inoiz harrapatzen ez dutena. Ihiz eta gramineoz (Elymus sp.) osatutako belardiz estalita dago.
- Azkenik, milazka-lerroak (Tamarix gallica) bereizten dira, itsasadarreko antzinako lezoietan.
